少年时代から无鉄炮な江戸っ子の坊っちゃんと、肉亲から疎んじられる彼に无偿の爱を注ぐ女中である清の描写から『坊っちゃん』の物语は幕を开く。
坊っちゃんは両亲と死别后、清とも离れ、四国の旧制中学校に数学の教师として赴任する。着任早々、校长には狸、教头には赤シャツ、画学の教师には野だいこ、英语の教师にはうらなり、数学の主任教师には山岚と、それぞれにあだ名を付けた。
坊っちゃんは授业の时に生徒达から、てんぷらそばを四杯食べた件等の私事について执拗に冷やかされる。また初めての宿直の夜には、寄宿生达から蒲団の中に大量のバッタ（厳密にはイナゴ）を入れられる等の嫌がらせを受け、激怒して、何としても犯人を突き止めようとしたため、大事になってしまう。
坊っちゃんは赤シャツとその腰巾着である野だいこから、生徒による嫌がらせは山岚の扇动によるものであると婉曲的に吹き込まれ、一时は真に受けてしまう。しかし、后日の职员会议において、先の寄宿生の不祥事に坊っちゃんが毅然とした措置を主张したところ、狸をはじめとする事なかれ主义の职员达は取り合ってくれなかったのに対し、山岚だけが坊っちゃんを支持してくれた。お互いに対する误解は解けていき、坊っちゃんと山岚とは、かえって强い友情で结ばれるようになる。
うらなりには、マドンナとあだ名される婚约者がいたが、赤シャツがマドンナへの横恋慕から、お人好しのうらなりを体良く延冈に左迁したという事実を知り、坊っちゃんは义愤にかられる。実は山岚も、赤シャツの横恋慕を纠弾したため、逆恨みされていたのであった。
日露戦争の祝胜会の日に、坊っちゃんと山岚は赤シャツの谋略により、中学校と师范学校の生徒同士の乱闘騒ぎに巻き込まれた上、いわれ无き生徒扇动の罪を着せられ、山岚が辞职に追い込まれる。卑劣な仕打ちに愤激した坊っちゃんと山岚は、赤シャツと野だいこの不祥事を暴くための监视を始め、ついに芸者游び帰りの赤シャツと野だいこを取り押さえる。そして芸者游びについて诘问するも、しらを切られたため、业を煮やし、激しく暴行を加えた。
即刻辞职した坊っちゃんは、帰郷后、街鉄（现在の都电）の技手となって、再び、清と同居生活を始めるが、清が亡くなり、遗言通り小日向の养源寺に葬った事を记して、『坊っちゃん』の物语は幕を闭じる。
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