神话哲学是谢林的又一个纯粹创新,也是其后期哲学的核心内容和主体部分(至于启示哲学则相当于这些思想在基督教阶段的延伸)。在这个宏大的构想里,谢林一方面依据历史事实,另一方面借助概念演绎,呈现出一个将所有古代文明囊括进来的一以贯之的历史进程。因此谢林的神话哲学既可以说是一部关于人类意识的“逻辑学”,也可以说是一部以神话为例而展示出来的“精神现象学”。
谢林的《神话哲学》(上下卷)分为“一神论”和“神话”两个部分,其中上卷讨论了一神论的概念和早期神话。
谢林通过分析一神论的概念,证明了真正的神为什么既是唯一的,也是多数的(包含三个潜能阶次),并在这个意义上是“大全一体”。正是基于这个概念,多神论或神话才是一个必然的现象,而其基本结构就是,原初唯一的代表着封闭统一体的神——通过斗争和最终的屈服——必然会让位给带来多样性的更高的第二位神。在早期神话部分,谢林依次讨论了星辰宗教(萨比教)、巴比伦神话、波斯神话、阿拉伯神话、腓尼基神话和早期埃及神话,尤其关注这些神话里面的名为“狄奥尼索斯”的第二位神的形象,并且通过天才的洞见和细致的分析揭示出,诸如“神的儿子”、梅尔卡特、弥赛亚和赫拉克勒斯等形象都是狄奥尼索斯的不同表现。