《微生物脂肪酸生态学》是利用脂肪酸生物标记研究微生物生态学的专著。作者收集了150多个属微生物6000多个菌株，测定分析了4800多株微生物菌株的脂肪酸生物标记特性，利用脂肪酸生物标记研究微生物个体、种群、群落在环境中的多态性。全书包含了14章。第一章微生物生态学及其脂肪酸生物标记，对微生物生态学的研究范畴、微生物生态学的研究方法、微生物脂肪酸分析的原理与方法等进行了阐述。第二章微生物脂肪酸的分析方法，对微生物脂肪酸检测系统、微生物脂肪酸萃取的前处理、微生物脂肪酸的样品分析、微生物脂肪酸分析仪的报告诠释等进行了描述。第三章微生物脂肪酸生态学的分析模型，对微生物脂肪酸数据来源与结构、微生物脂肪酸数据生态学模型、微生物脂肪酸生态学分析软件的设计、微生物脂肪酸生态学分析事例等进行了阐述。第四章微生物的生物学与分类学，阐述了自然界的微生物、微生物的种类、微生物与人类的关系、微生物学的分类等，对细菌的形态与结构、细菌的生理生化特性、细菌的新陈代谢与能量转换、细菌的分类方法和分类系统等进行了描述，综述了中国细菌分类学的研究进展。第五章常见微生物脂肪酸型的划分，对生态环境中常见微生物种属脂肪酸鉴定，微生物属种脂肪酸生物标记的分布特性、基于脂肪酸生物标记的微生物属种脂肪酸型的分析、基于脂肪酸和16SrDNA分析的细菌属亲缘关系的比较等进行了研究。第六章细菌脂肪酸型及其在环境中的作用，对脂肪酸Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅵ型细菌60个属特征种的脂肪酸特性及其该菌在生态环境中的作用进行了研究综述。第七章微生物种类脂肪酸分类学特性，以芽胞杆菌为例，阐述了芽胞杆菌种类的脂肪酸鉴定、脂肪酸生物标记的分布特性，对芽胞杆菌种类的脂肪酸分类学特征进行了研究。第八章微生物种群个体脂肪酸生态学特性，以甲胺磷抗性细菌种群为例，研究了微生物种群个体脂肪酸生物标记的分布特性。第九章微生物群落总体脂肪酸生态学特性，以微生物发酵床分解猪粪过程微生物群落变化为例，研究了微生物群落脂肪酸生物标记的比较、微生物群落脂肪酸生物标记在基质垫层中的分布、微生物群落脂肪酸生物标记的聚类分析、微生物群落脂肪酸生物标记多样性指数、微生物群落脂肪酸生物标记特征指数B的分析、微生物群落脂肪酸生物标记发酵指数F的分析。第十章微生物亚群落分化脂肪酸生态学特性，以微生物发酵床分解猪粪过程微生物群落分化为例，研究了微生物亚群落分化的脂肪酸生态学特性。第十一章植物根系特征微生物脂肪酸生态学特性，以基于PLFAS分析的水稻根系微生物群落与水稻品种特性关系研究为例，分析了植物品种根系土壤微生物脂肪酸生物标记的异质性、不同品种水稻根系土壤微生物脂肪酸生物量总量与水稻品种特性相关性。第十二章施肥过程土壤微生物脂肪酸生态学特性的变化，以施肥技术对土壤微生物的影响研究为例，分析了土壤微生物群落PLFAs生物标记指纹图谱、数量和结构变化、生态学参数及其相关性、生物标记多样性指数的变化等。第十三章培养过程微生物脂肪酸生态学特性的变化，以青枯雷尔氏菌为例，青枯雷尔氏菌培养过程脂肪酸生物标记的变化。第十四章微生物种下分化脂肪酸生态学特性，以青枯雷尔氏菌为例，研究了青枯雷尔氏菌不同致病性菌株脂肪酸特性、特征图谱、脂肪酸多态性与致病性关系、青枯雷尔氏菌种下分化脂肪酸型的判别模型的建立。