本书起自咸丰八年六月二十一日(1858年7月31日)，迄于光绪三十年五月十四日(1904年6月27日)，记叙了这一时期的许多重要史事和作者本人的思想、活动，内容相当丰富，被誉为晚清三大日记之一。据一些学者考证，翁同稣戊戌罢归后，为避忌讳，曾对日记中有关戊戌变法和维新派的内容作过删改。新版首先完善了日记的整体内容。已有的几种本子仅限于“涵版”《翁文恭公日记》所载的内容，即起自咸丰八年六月二十一日，迄于光绪三十年五月十四日的部分，“陈版”虽将军机处日记编入，但仅有1883-1884年的中法战争日记，尚缺1894-1895年的甲午海战日记。此次重新出版的《日记》除将此两种军机处日记全部收入外，还有一部分由翁万戈先生提供的翁同龢早期日记，包括己酉夏南归赴试日记（道光二十九年五月十一日至六月初六日）和庚戌恭赴西陵日记（道光三十年九月十八日至二十七日），是翁同龢早年参加学政会考及随父亲翁心存护送道光皇帝梓宫入西陵时所记日记，保存了不少珍贵史料。此外，《日记》还增补了翁同龢的自订年谱（原名松禅年谱）及其侄曾孙翁之憙所作的年谱补，后续还将编印出版日记人名索引，以便于查阅。其次，是关于挖改、删隐之处的补充复原。翁同龢日记共经过两次删改。一次是翁同龢自戊戌罢归后，为避忌讳，将日记中所载与维新活动有关的人物、事件等作了改动，其中有挖改之处，亦有将整页剪下重新改写之处，此类挖改在手稿中均有明显痕迹，但木已成舟，无法复原。从文献的角度出发，凡此类翁氏自行挖改之处均拍成照片作为插图放入日记附录《删改真象》中。另一次即是商务印书馆影印出版《翁文恭公日记》时所作的删改，此次重新整理已将其一一复原。此外，日记手稿原件中有不少翁同龢的手绘图，多为地形图、星象图等，出于保存文献的考虑，此次整理对这类图均作了保留。另外，本书还编制有人名索引，故研究者按图索骥。