全书分为四章，分别围绕鼠疫杆菌、天花病毒、流感病毒和艾滋病毒这四种烈性微生物对历史产生的巨大影响，从几个不同的侧面阐述微生物这个肉眼看不见的翻云覆雨手是如何改变、推动过去、今天和未来的人类历史的。
第一章最古老的瘟疫：
鼠疫，也就是曾经改变欧洲格局与面貌的“黑死病”。它葬送了蒙元王朝，让试图重现罗马荣光的查士丁尼大帝壮志难酬，更决定了崇祯、李闯王与吴三桂的个人命运乃至明清两朝的历史性走向。晚清末年，人类与鼠疫的决战发生在东北，以人类的获胜而告终。然而，人类真的获得胜利了吗？鼠疫真的不会卷土重来？
第二章斑点恶魔：
天花，没有鼠疫那么剧烈，但却是人类历史上最持久的病毒。几千年来，人类对天花束手无策，侥幸不死的人们也留下终生难消的疤痕。旧大陆对新大陆的征服，很大程度上要感谢天花：几乎统一墨西哥并开始征服中美洲的阿茲特克帝国在他最强盛最具扩张力的时刻，在天花绽放的那一刻骤然灭亡。发现“牛痘”的爱德华•琴纳，让人类征服了天花，他是这个星球上最伟大的医生。
第三章西班牙女郎：
大流感，让1918这个年份成为无数人心中的噩梦。那一年，美国人均寿命是39岁。这场为期一年的流感所杀死的人，要比黑死病在二百年中杀死的人多，要比艾滋病在过去四分之一世纪杀死的人多。然而同样拜流感所赐，德国征服世界的野心终成泡影。流感过后，人类寻找引发这一场浩劫的原株病毒的漫长过程，也成为举世瞩目的传奇。
第四章世纪末的救赎：
艾滋病如横空出世，在上个世纪八十年代突然出现在我们这个世界上。就像上帝和人类开的一个大玩笑，又像地狱里的魔鬼的一次出击，这一击就命中了人类文明的死穴。透过艾滋病，看到的是人类种种恶习，是科学界争名夺利的丑恶嘴脸以及人类一次又一次的失败。艾滋将与我们共存很长很长时间。人类与艾滋，谁胜谁败，这是一个不可预知的未来。