《公主志书系:捕梦者(升级版)》一共有十一个故事。生意潦倒的小诊所主人方叶生拥有一项特殊的能力,他能够捕捉人的梦境,看到梦中发生的事情,并能把这个梦孵成一种动物。方叶生出身自捕梦者瀛洲牧世家,神兽梦貘莫小白和鵸鵌齐荼是他的助手。每天晚上,他们游走在都市的夜空中,捕捉人的梦境,带回去孵化。也因为捕梦,遇到了一个又一个故事。方叶生的好朋友,天神游奕灵官帮了他很多忙。他们解决了由梦孵化出的青鸟带来的危机,帮助盲眼的少年和他喜欢的少女在一起,还有从西洋来的吸血鬼,为了不吸血,改吃梦为食物,也通过方叶生终于和自己的喜欢的女生在一起。方叶生还在梦里回到中国古代的唐朝、殷商等时代,见证历史,解决了几桩悬案。最终,方叶生彻底了解了自己的身世之谜——是朱雀族和捕梦者混血后代。在故事的结尾,方叶生和两只神兽继续游走在夜色中,捕捉和守护人们的梦境。