水经注疏》的流传与版本情况复杂，目前可知至少有三种全稿抄本：一为“北京本”。一九五五年至一九五七年，北京科学出版社影印了中国科学院图书馆所藏《水经注疏》（简称“北京本”）。二为“台北本”。一九七一年，台湾中华书局影印“中央图书馆”所藏《水经注疏》另一稿本《杨熊合撰水经注疏》四十卷（简称“台北本”）。三为“京都本”。二〇一〇年十二月,辽宁辽海出版社出版了京都大学的藏本，八开，全二册。陈桥驿教授作序、题写书名。此即日本学者森鹿三向熊会贞求稿时所录出的一种副本。
需要要说明的是，经过历年来学术界的讨论，目前学者基本认为“台北本”为《水经注疏》的“*后定稿本”。 著名郦学专家陈桥驿先生在《汪辟疆与〈水经注〉》一文中也认同台北本《水经注疏》为熊氏谢世前定稿的说法，称“今台北本的底本，也就是汪氏在《熊会贞遗事》文中所说熊氏*后‘手奉郦疏全稿置案上’的这部‘郦疏全稿’，乃是熊氏二十二心血的*后稿本。这部稿本，并不像刘禺生所说，杨氏子孙在熊氏生前就‘阴售疏稿’，而是在熊氏死后，才由杨勉之卖给前中央研究院的”。
台北本的价值从台北本与北京本之间的异文情况就可以看出。杨熊在写作过程中，不断进行修订，北京本和台北本就是根据杨熊不同的修订稿本钞出的，因此多有不同。总体来说，两者之间的异文，多以台北本为优。台北本因一直在熊会贞身边，又经不断修订，增补了许多内容，减少了一些讹误，故总体较优。台北艺文印书馆一九七四出版的吴天任《杨惺吾先生年谱》附录之一《<水经注疏>清写本与*后修订本校记》，实为北京本与台北本的详细对勘成果，约有二十万字，校正了许多错误。陈桥驿《评台北中华书局影印本<杨熊合撰水经注疏>》一文有卷四十《渐江水》的比勘结果，“北京本在郦注注文上计误六字，漏三十六字；在杨熊疏文上计误十六字，漏一百九十九字，另外还有两处词汇颠倒”，于此可见一斑。《水经注疏》杨守敬，熊会贞合著，该书吸取历代《水经注》的研究成果，是研究《水经注》的*重要版本之一。凤凰出版社此前出版有该书整理本，由段熙仲点校，陈桥驿复校，此书因为校勘精良，多次获得国家图书大奖。近年来该书的几个重要版本北京本和京都本都陆续出版，而唯有该书*后定稿本的台北本迟迟未在大陆出版。此次将台北本影印出版，以填补此项出版的空白。