《两汉思想史》三卷是徐先生于上一世纪70年代陆续出版的代表性巨著，那时他已是七十岁的人了。第一卷原名《周秦汉政治社会结构之研究》，是《两汉思想史》的背景篇，后两卷是正篇。
徐著《两汉思想史》的鲜明特点是：
第一，通过对周秦汉，特别是汉代社会政治结构的探讨，深刻揭露、鞭笞了专制政治。徐先生着力检讨中国传统政治，批判一人专制。在《封建政治社会的崩溃及典型专制政治的成立》、《汉代专制政治下的封建问题》、《汉代一人专制政治下的官制演变》等长篇专论中，徐先生从制度上详考了中国专制政体的形成与演变，分析了宰相制度被破坏的过程，不仅指出“家天下的法制化”的弊病，而且刻划了专制者的心理状态。他说：“一人专制者的心理，即使是自己所建立、所承认的客观性的官制乃至任何制度，皆可由他一时的便宜而弃之如遗。”“一人专制，需要有人分担他的权力，但又最害怕有人分担他的权力。这便使宰相首遭其殃。另一方面，则是出于由一人专制自然而然所产生的狂妄心理，以为自己的地位既是君临于兆民之上，便幻想着自己的才智也是超出于兆人之上。这种无可伦比地才智自我陶醉的幻想，便要求他突破一切制度的限制，作直接地自我表现。”（第一卷，第153页。）当然，在我们看来，专制者的心理是其次的，决定政冶结构的关键尚不在此。政治、经济资源配制的状况，军事的压力，财产与权力分配与再分配的成本和效益的问题，是制度建构与政治架构修正的主要原因。
钱穆（宾四）先生对汉代政治的描述与评价（请见《国史大纲》），与徐先生大相径庭。钱穆以历史学家的眼光，指出汉代政治是文士政治，非专制政治，在制度建设上奠定了中国政治的格局，其成就大于负面。按钱穆的看法，秦汉以降，中国传统社会使平民通过教育可以参与政治的机制，特别是有“考试”与“铨选”制度为维持政治纪纲的两大骨干，沟通社会与政府，则不可以对两千年历史一言以蔽之曰“专制”、“黑暗”。徐先生曾经老实不客气地著文批判钱先生是“良知的迷惘”。徐指出他自己“所发掘的却是以各种方式反抗专制，缓和专制，在专制中注入若干开明因素，在专制下如何多保持一线民族生机的圣贤之心、隐逸之节，伟大史学家文学家面对人民的鸣咽呻吟，及志士仁人忠臣义士，在专制中所流的血与泪。”（徐文见台湾《华冈学报》1979年第8期）
徐钱间的公案今且不表，由是大概可以知道徐氏是一位情感奔放的学者。读《两汉思想史》，我们处处可以感受到他的民主政治的情意结。萧公权先生在《中国政治思想史》中指出，秦汉至清末，以君道为中心，“专制政体理论之精确完备，世未有逾中国者。”（见萧著下册，第947页）按萧公权的看法，这二千余年，中国政治体制和政治思想“多因袭而少创造”。而徐复观先生则充分论证了周室宗法封建解体的原因、过程与秦汉专制政体的形成演变问题，乃至中国姓氏的演变与社会结构、专制政治与宗族的关系等。请注意，徐先生使用的“封建”概念是准确的，是中国古代的原始涵义，而我们现在习见的“封建社会”概念是不准确的，是西方史的涵义，类似于徐著中的“专制政治”的意思。
第二，与上一个问题有关，徐著特别重视知识分子问题。第一卷有《西汉知识分子对专制政治的压力感》的专论，第二卷有关《吕氏春秋》、陆贾、贾谊、《淮南子》与刘安、董仲舒、扬雄、王充等思想的论述，第三卷有关《韩诗外传》中士的立身处世和“士节”的强调，及有关太史公在《史记》中所表现的史学精神与目的的论述，都涉及到知识分子问题。徐先生说：“若不能首先把握到两汉知识分子的这种压力感，便等于不了解两汉的知识分子。若不对这种压力感的根源——大一统的一人专制政治及在此种政治下的社会作一确切的解析、透视，则两汉知识分子的行为与言论，将成为脱离了时间空间的飘浮无根之物，不可能看出它有任何确切意义。”（第一卷，第167页）西汉知识分子为什么反秦？反秦实际上即是反汉。为什么喜欢《离骚》？那是“信而见疑，忠而被谤，能无怨乎”的处境与心境之自况。司马迁的“意有所郁结”的感愤之作，东方朔的《答客难》，扬雄的《解嘲》，班固的《答宾戏》等等，都是压力之下知识分子对命运、遭际的情感抒发。
在第三卷《原始——由宗教通向人文的史学的成立》这一专论中，徐先生不仅考察了“史”的原始职务，与祝、卜、巫的关系，尤其论述了史职由宗教向人文的演进，宗教精神与人文精神的交融。优秀的史官，实际上正是以“代天行道”的宗教精神来执行他的庄严任务的。这就是一种“书法”。孔子赞扬的“古之良史”董狐和为了写出“崔杼弑其君”而牺牲的兄弟三史官及前仆后继的史官即是明证。徐先生说：“这不是西方‘爱智’的传统所能解释的。因为他们感到站在自己职务上，代替神来做一种庄严的审判，值得投下自己的生命。”（第三卷，第143页）全书对汉代优秀知识分子以理想指导、批判现实政治的研究，甚有独到之见。这也使我们很自然地想到中国知识分子的使命感、入世关怀、政治参与和不绝如缕的牺牲精神。
知识分子，特别是人文知识分子，以价值理念指导、提升社会政治。请读者读一读本书二卷《刘向 、 的研究》第五节有关刘向针对现实政治、突破现实政治的理想性的讨论和第六节“以士为中心的各种问题”以及《贾谊思想的再发现》第五节“贾谊政治思想中的现实性与理想性”。从这里可知儒家政治理念的功能和儒家政治思想不同于、高于法家政治思想的缘由。“以民为本，以民为命，以民为功，以民为力，一切过失，都由君与吏负责，决不能诿之于民。”（第二卷，第85页）徐先生特别肯定“政治以人民为主”的观点，又善于发掘传统政治思想的资源，没有陷于今天自诩为“自由主义者”的某些人的浅薄与狂妄。
第三，学术上的贡献与严谨的学风。徐先生的《两汉思想史》反映了作者的创慧。在他以前，很少有人注意到《新序》、《说苑》中引用孔子的材料在比例上超过了《韩诗外传》的问题。这一问题，随着今天大量出土简帛的出现得到照应。我们很遗憾，徐先生写作本书时，只略为了解了一点点长沙马王堆出土的帛书《老子》，尚不可能知道帛书《易传》及儒家与诸子百家的帛书资料，更不可能知道90年代郭店楚简与上海博物馆购藏楚简中大量丰富的思想史资料。实际上，孔门七十子后学记述、传衍的大量资料，在汉代典籍中得到保留，除前述刘向所编书外，尚有陆贾《新语》、贾谊《新书》，乃至《吕览》、《淮南》等。地下发掘的竹帛与传统文献对比，诸如《诗》《书》传衍世系与家派，诗教、书教、礼教与乐教，思孟“五行”，先秦两汉心性论问题，都有了更丰富的材料，而超出于陈说。我们特别注意到，徐先生在没有获悉这些新材料时，由于他苦心研读文献，而有了突破前人的慧识己见。他超越了“疑古派”，依据自己的考据工夫，把“五四”以来认为不可信赖的文献重新加以定位，大胆地加以证实与运用。举凡有关汉代思想史上的大家和重要典籍，他都有讨论且都有独到的见解而不肯阿附陈说。他尤其重视孔子人文精神在两汉的巨大影响，特别是春秋学的问题，礼乐的问题，天、命、性、道、身、心、情、才等人性论问题的展开等。又如他说，《吕氏春秋》最要者是《十二纪》纪首，其中积淀了汉代以前的宇宙——世界观，又规定了影响了两汉学术与政治。他认为，董仲舒成就的“天”的哲学大系统是当时专制政治趋于成熟的表现，但董氏仍然持守儒家政治理念，批判现实政治，力求限制专制之主及其酷烈的刑法。
从本书我们可以了解作者严谨扎实的学风，他的研究建立在第一手基本资料的考证、解释、批评上，他有识见，有眼光，他坚决反对浮光掠影、投机取巧。这在学风浮躁的今天尤有意义。