《中华人民共和国经济思想史纲(1949～2009)》是在我的《新中国经济理论史》（国家“九五”规划重点图书，上海财经大学出版社1999年9月出版）基础上修撰而成的。1.体例结构做了重大调整。《新中国经济理论史》是一种发展流程的体例结构，重在整理、描述经济思想的发展线索和过程状态；《中华人民共和国经济思想史纲》则采用专题研究的体例和结构，在发展流程背景下着重经济思想的理论形态、发展转型、学术形式及研究方法变革、中西经济思想融合等节点的提炼和分析，使思想史的发展有一种学科框架的勾勒。
2.经济思想的资料整理及发展过程描述延续到21世纪初叶。《新中国经济理论史》考察研究1949～1999年50年中国经济思想发展史；《中华人民共和国经济思想史纲》考察研究1949～2009年60‘年中国经济思想发展史。即在前书基础上延续了10年。由于处在改革开放及现代化过程中的中国经济社会发展变化较快，所以以10年为一个时段对经济思想作及时的整理和研究可以促进思想资源的积累，催生新的思想，发展出新的分析技术和理论结构。
3.理论分析的修正和更新。由于是整理、研究当代经济思想史，思想、理论、学说和观点等都是处在变化过程中，所以对这些要素的整理和研究也是一个动态过程。从2009年回顾1949～2009年的经济思想史，一些理论分析需要作出修正或更新，一些政策思想需要作出新的解读，一些思想发展状态需要作出特殊的描述，这是《中华人民共和国经济思想史纲》的修撰要求。
关于《中华人民共和国经济思想史纲(1949～2009)》的研究方法，还是依循我对现代经济思想史研究的一些考虑。
通常，经济思想史比较习惯的写法是以人物（和与人物密切相关的学派）来安排章节，即按照时间顺序将一些重要的、次重要的、不甚重要的经济学者（或学派）的主要理论观点罗列一番，再加上作者的点评。这是一种习惯的写法，古代经济思想史、近代经济思想史基本上都是这样写的，外国经济学说史著作很多也是这样写的，也有学者用这种方法来写中国现代政治经济学史或现代经济思想史（如对领袖人物的经济思想的研究）。我觉得，用这种办法来写现代经济思想史不是很合适。首先，现在乃至当代的经济思想、经济理论的发展虽然已有了一个过程，但毕竟还未沉淀，有些理论的发展还在延续，有些观点仍在发生变化，有些结论有待于修正……经济学者的重要性或“等级”也还需要经历一个“历史选择过程”，因而很难用对待历史人物的方法处理；其次，按人物编史的信息容量有限，罗列的人物不可能很多，每一个人物所涉及的知识范畴和学科领域也不可能很广，因此这种体例很难吸纳大量的思想素材，不可能全面反映该时期经济思想发展的面貌；再次，在现代中国经济思想发展过程中，罕见能建立完整理论体系的经济学者，也尚未形成有完整理论体系的学派，因而仅靠人物编排的套路无法构成一段完整的历史。整理研究现代经济思想，我的方法是，除了极少数情况，一般只论及学术观点而不一一对应原作者。也就是说，某一观点是谁提出的并不重要，重要的是在某一时期针对某一问题产生了若干种有代表性或有理论价值的观点，或者对某一理论的研究达到了怎样一种学术水平。
与这种方法相适应，《中华人民共和国经济思想史纲(1949～2009)》对所引用和参考的文献资料除篇幅较长者外，一般不一一对应注释，而在书末给出每一章详尽的参考资料目录，该章的观点都会对应。而且，思想资料、理论观点经过我的整理或处理，也不适宜直接注释。这种注释方法也是国际上学术著作多有采用的。